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統計とか疫学とかいろいろ

勉強の備忘録メイン

Feuer! Sperrfeuer! Los! Achtung! Deckung! Hinlegen! Halt!

論文[薬剤疫学] Nonsteroidal anti-inflammatory drugs and risk of heart failure in four European countries: nested case-control study (Arfè A et al., BMJ, 2016 Sep)

www.ncbi.nlm.nih.gov

なぜこの論文か

エビデンス創出における観察研究の可能性,運用方法,具体的な分析手法について理解が個人として不十分と感じるため,このあたりの能力開発の一環として.

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RStan学習録

(2017-02-02作成)

R tips

t(): 転置行列を返す関数

apply(X, MARGIN, FUN, …): リスト、タプル、ベクトルに共通のFUNCTIONを適用。MARGINは関数を適用する方向を意味し、例えば次のように計算できる。

#MARGIN == 1
> D <- data.frame(c(1,3,4,3,8), c(2,5,6,6,8), c(7,3,9,2,0))
> colnames(D) <- c("A", "B", "C")
> apply(D, 1, mean)
[1] 3.333333 3.666667 6.333333 3.666667 5.333333
> apply(D, 1, max)
[1] 7 5 9 6 8
> apply(D, 1, min)
[1] 1 3 4 2 0

#MARGIN == 2
> apply(D, 2, mean)
  A   B   C 
3.8 5.4 4.2 
> apply(D, 2, max)
A B C 
8 8 9 
> apply(D, 2, min)
A B C 
1 2 0 

靴を磨くとマジで光る

大学の入学式(6年前?)でスーツについてきた適当な革靴と、ABCマートで適当に買った防水革靴しか持っていなかったこともあり、大変恥ずかしながら、これまでまともに靴磨きをしたことがなかった。

しかし最近、冠婚葬祭の機会が増えてきたのと、それなりの場にはそれなりの服装で、という意識がようやっと芽生えてきたこともあり、ちょっといい目の靴(スーツ屋で適当にくっついてくるやつではない、という意味で)を購入したので、靴磨きの仕方というのを学んでみた。

www.columbus.co.jp

このプロトコルをある程度守って、6年ものの適当革靴を磨いてみたところ、これがびっくり。
刻み込まれたシワこそ消えないものの、立派に黒く光っているじゃないですか。

革靴が光るのって新品の時ぐらいなのかと思ってました……。
(大して期待してなかったので画像すらないという)

「日医 値段の安いものを求める姿勢、『通常医師なら考えない』」 RISFAX 2017/1/26

職場で読んでどうしても一言言いたくなってしまった記事。

「日医 値段の安いものを求める姿勢、『通常医師なら考えない』」 RISFAX 2017/1/26

関西メディコが非正規ルートからハーボニーを仕入れた動機が「安かったため」だったことに関する医師会のえらい人のコメント、らしい。

偽造医薬品を作る奴は言語道断だし、流通をみすみす許してしまった関係者に問題があったことにも異論はない。 安易な罰則強化については賛否あるだろうけど、感情としては十分理解できる。

でも、自分らだけが倫理的、とでも言いたげな物言いはちょっとね。 診療報酬詐欺の医者がちょっとした騒ぎになったことはもう忘れたのかっていう。

※ 日刊薬業では罰則強化の部分だけが記事にまとまっていたし、コメントの中心というわけではない模様。

医師と他職種の犯罪率でも分析してやろうかと思ったけど、「医療従事者」以上に細分化されたデータが簡単には手に入らなさそうなのでとりあえず断念。職業、学歴、出身地、年齢、性別あたりを網羅した匿名化データとか転がってないかなあ……。

警察庁「平成27年の犯罪」

岩波データサイエンス刊行委員会『岩波データサイエンス vol.3』 岩波書店

岩波データサイエンス vol.3

以前、本書の代表著者である星野崇宏先生の『調査観察データの統計科学』

www.amazon.co.jp

を読んだのだけど、だいぶ期間が空いてしまったのと消化不良で終わっていたのとで、再入門として読んでみた。

統計的因果推論はデータ分析において、分析対象のデータ特性(e.g. 離散/連続、正規性、…)を評価して適切なモデルを選択する、という技術的な部分よりもひとつ上の次元にある議論のように思う。

結局のところ、いくらデータ特性がよく考慮されていて、説明力の高いモデルであっても、例えば回帰モデルならばその回帰係数が意味するところを語れなければ、課題を抱えている張本人には歯がゆさだけが残るはずだ。

前書きにある「領域固有の知識なく汎用的な方法論だけで勝負するデータサイエンティストがデータロボットに置き換わる時代は目前に(すでに)来ています。」という言葉は重く受け止める必要がある。 確かに、「データの形や包含関係を検出し、離散化を含む最適な前処理を施し、バイアスの少ないモデルを自動で選択して解析結果を吐き出す」あたりは程なくできるようになってしまうかもしれない。

少し話はずれるが、こんな取り組みもあるようだし(ちょっと古いけど)、今のままでいつまでも仕事があると思わないほうがよさそうだ。

www.sas.com

Ubuntu 16.04 tips

基本的なところ

(2017-01-16)

参考サイト

Linuxコマンド集:ITpro

#アプリケーションのインストール(ダウンロード済み)
$ dpkg [action] [option] [package]
$ sudo dpkg -i ~/(directry)/rstudio-1.0.136-amd64.deb

#アプリケーションのインストール(未ダウンロード)
$ sudo apt-get [Option] [Package]
Options
--help #ヘルプを参照
install #インストール
-f #依存関係が壊れたケースで修復

#アプリケーションの起動
$ [アプリケーション名]

#Backgroundで起動(アプリケーションを起動しつつterminalを使える状態に)
$ [アプリケーション名] &

apt-getコマンドのダウンロード先(レポジトリ)を編集する。

(2017-01-28)

www.garunimo.com

$ sudo gedit /etc/apt/sources.list

#Rをインストールする際に以下の行を追記していたがアクセスに失敗していたため(原因未究明)
#これをコメントアウト
deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu precise/

atomUbuntuにPPA経由でインストールする

qiita.com

PPAってなんぞや

そもそもLinuxは、新しいソフトウェアをダウンロードする際に、Windowsのように配布サイトを直接訪問する方式をとっていない(直接配布している場合もあるが)。その代わりに、レポジトリと呼ばれるソフトウェアをひとまとめにした場所からダウンロードする。

Ubuntu公式のレポジトリであるUbuntuソフトウェアセンターでは多くのソフトウェアを配布しているが、場合によっては公式レポジトリで配布していないケースもあり、atomもこの例外に該当する。

atomを入手するためには、公式ページからダウンロードするか、PPAを使う必要があるようだ。

PPAは"Personal Package Archives"の略で、Ubuntuユーザーのチームや個人が管理している非公式レポジトリとのことで、UbuntuソフトウェアセンターがAndroidにおけるPlayストアなら、DMM GamesがPPAのひとつ、といった感じだろうか(伝わらないたとえ)。

公式ほど動作・安全性の保証が得られないため、使い方には注意する必要があるようだ。

まぁ、今回はatomだし問題ないということで。

参考サイト:

allabout.co.jp

win10初期化・Dual boot解消〜Ubuntu導入(Dual boot再構築)の備忘録

以前構築して放ったらかしにしていたUbuntuとのDual boot環境を一度ぶっ壊して再構築しました。 わりと苦労してしまったので備忘録を作成。 詳しい人が見たらいろいろおかしいところがありそう。

  1. MBRの設定変更
  2. win10初期化
  3. パーティションの整理
  4. Ubuntuインストール
  5. Ubuntuの日本語化

1. MBRの設定変更

Dual boot解消にあたり、いきなりUbuntuをインストールしたパーティションを削除するとwinまで起動できなくなるらしい。

これは、Ubuntu導入時にではMaster Boot Record(以下MBR)なるものがDual boot用に書き換えられるためで、PC起動時のOS選択がうまくいかなくなるため・・・ととりあえず理解しておけばよさそう。

文鎮化を回避しつつUbuntuを削除するために、まずはMBRをwin10だけだった頃の状態に戻す必要がある。

win10上で回復コンソールを起動し、以下のコマンドを順に実行。

bootrec /fixboot 

bootrec /fixmbr 

exit 

修復が正常に完了していれば、再起動後にブートローダGRUB による Ubuntuの起動メニューが表示されず、直接winが起動される。

2. Win10の初期化

後述のパーティション整理で「回復パーティション」を削除できるように、回復ドライブを事前に作成しておく。

初期化は設定から特に迷うことなく実行できる。バックアップは忘れずに。

3. パーティションの整理

Win10の規定のパーティション構成は、

となっており、ドライブからのリカバリができなくなってもいいのであれば、回復パーティションは削除しても問題ない。

通常のパーティション編集(Cドライブの縮小など)は、[Windowsキー]+[X]⇒[K]で「ディスクの管理」から実行できる。

しかし、回復パーティションはシステム上必須のパーティションに設定されているらしく、そのままでは解放できない。

そこで、回復パーティションを削除してUbuntuの領域を確保するために、管理者権限のコマンドプロンプトからパーティションの整理を行う。

[Windowsキー]+[X]⇒[A]でコマンドプロンプトを開き、以下のコマンドを使って回復パーティションを削除する。

diskpart //diskpartの起動
list disk //ディスクの一覧表示
select disk # //ディスクの選択
list partition //選択ディスクのパーティションを一覧表示
select partition # //パーティションの選択
delete partition override //パーティションの削除

ここの操作は間違い方によっては取り返しがつかないので、くれぐれも慎重に。

4. Ubuntuのインストール

このサイトからUbuntu最新版のディスクイメージをダウンロードする。

www.ubuntu.com

これを適当なUBメモリ(とりあえず8GBで問題なかった)にUnetbootinを使って書き込む。

Ubuntuを書き込んだUSBメモリを挿した状態でPCを再起動し、起動時にF12(機種によってはESCとかF11とか別のキー)を長押ししてBIOSを呼び出す。

USBからブートを選択し、Ubuntuをインストールする。

フォルダ名が日本語化されるのが嫌なのでとりあえず英語を選択。

5. Ubuntuの日本語化

日本語入力ができないのはややしんどいので日本語化。

Language SupportからJapaneseをインストール対象に設定する。

この辺は正直よくわかってないが、とりあえず日本語入力が可能になったのでリンクだけ貼付。

第417回 Ubuntu 16.04 LTSの日本語入力:Ubuntu Weekly Recipe|gihyo.jp … 技術評論社

To Be Continued...?